Tên giải thưởng mang tên của Phan Châu Trinh, được sáng lập bởi tổ chức Quỹ văn hóa Phan Châu Trinh do bà Nguyễn Thị Bình, nguyên phó chủ tịch nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và đồng thời cũng là cháu ngoại của Phan Châu Trinh làm chủ tịch và Chu Hảo, nguyên thứ trưởng Bộ Khoa học Công nghệ làm phó chủ tịch.

Giải thưởng được trao lần đầu tiên vào năm 2007, từ năm 2010 trở đi được trao vào ngày 24 tháng 3 hằng năm, đúng vào ngày giỗ của Phan Châu Trinh tại TP.Hồ Chí Minh. Từ năm 2011 trở đi giải "Giáo dục" được đổi tên thành "Vì sự nghiệp văn hóa và giáo dục".